נינטנדו צריכה להגן על עצמה באופן קבוע בסכסוכי פטנטים, ולנצח במקרים רבים עםחריג מדי פעם. בעוד שהפסד טכנולוגיית מסך ה-3DS ל-Tomita Technologies USA עשוי לעלות לנינטנדו 15.1 מיליון דולר, למקרים אחרים יש פוטנציאל למנוע יבוא של מערכות נינטנדו לטריטוריות גדולות - אלא אם כן יושגו הסדרים, כמובן.
אולם בכל הנוגע ל-Wii ולשיטות השליטה השונות שלו, נינטנדו הצליחה להביס את תלונות הפטנט נגדה. הדוגמה האחרונה היא אתגר של Creative Kingdoms. כפי שדווח על ידיבלומברג, Creative Kingdoms היא "מפעילת פארק שעשועים" שערערה על שלט ה-Wii בטענה להפרה של מוצר "שרביט הקסמים" שלו. היא ניסתה לחסום מכירה של מערכות Wii בארה"ב, אך שופט נציבות הסחר הבינלאומי של ארה"ב, צ'ארלס בולוק, דחה את הטענה. להלן ההצהרה של נינטנדו.
ב-12 בספטמבר 2013, נינטנדו זכתה בתיק של הפרת פטנטים שהוגשה לוועדת הסחר הבינלאומית על ידי Creative Kingdoms. הוועדה מצאה שמערכות ה-Wii וה-Wii U של נינטנדו אינן מפרות את הפטנטים של Creative Kingdoms. הוועדה גם מצאה שהפטנטים של Creative Kingdoms אינם תקפים.
"אנחנו מרוצים מהקביעה של הוועדה", אמר ריצ'רד מדווי, סגן היועץ המשפטי של נינטנדו מאמריקה. "הרקורד של נינטנדו מוכיח שאנו מגנים במרץ על תביעות פטנטים כאשר אנו מאמינים שלא הפרנו פטנט של צד אחר. נינטנדו ממשיכה לפתח מוצרים ייחודיים וחדשניים תוך כיבוד זכויות הקניין הרוחני של אחרים".
